Craig Venter

La vie est un système logiciel ADN.

John Craig Venter est un biotechnologue et homme d'affaires américain. Il est connu pour avoir dirigé le premier projet de séquençage du génome humain et pour avoir rassemblé la première équipe à transfcter une cellule avec un chromosome synthétique. Venter a fondé Celera Genomics, The Institute for Genomic Research TIGR et le J. Craig Venter Institute JCVI, où il est actuellement directeur général. Il a été cofondateur de Human Longevity Inc. et Synthetic Genomics. Il a été inscrit sur la liste Time 100 du magazine Time en 2007 et 2008 des personnes les plus influentes du monde. En 2010, le magazine britannique New Statesman a classé Craig Venter au 14ème rang de la liste « The World's 50 Most Influential Figures 2010 ». En 2012, Venter a reçu le prix Dan David pour sa contribution à la recherche en génomique. Il est membre du comité consultatif du USA Science and Engineering Festival.

Enfance et éducation

Venter est né à Salt Lake City, Utah, fils d'Elizabeth et John Venter. Dans sa jeunesse, il ne prenait pas ses études au sérieux, préférant passer son temps sur l'eau en bateau ou à faire du surf. Selon sa biographie, A Life Decoded, on dit qu'il n'a jamais été un étudiant très engagé, ayant des C et des D sur ses bulletins de huitième année. Il a obtenu son diplôme de Mills High School à Millbrae, Californie.

Bien qu'il s'oppose à la guerre du Vietnam, Venter a été appelé sous les drapeaux et s'est enrôlé dans la marine américaine où il a travaillé à l'unité de soins intensifs d'un hôpital de campagne. Pendant qu'il était au Vietnam, il a tenté de se suicider en nageant vers la mer, mais a changé d'avis à plus d'un mile au large. Être confronté quotidiennement à des Marines grièvement blessés et mourants a instillé en lui le désir d'étudier la médecine, bien qu'il ait ensuite changé pour la recherche biomédicale.

Venter a commencé ses études universitaires au College of San Mateo en Californie, et a ensuite transféré à l'Université de Californie, San Diego, où il a étudié sous la direction du biochimiste Nathan O. Kaplan. Il a reçu une licence en biochimie en 1972 et un doctorat en physiologie et pharmacologie en 1975 de l'UCSD.

Carrière

Après avoir travaillé comme professeur associé, puis comme professeur titulaire, à la State University of New York à Buffalo, il a rejoint les National Institutes of Health en 1984.

Controverse sur les EST

En tant qu'employé du NIH, Venter a appris à identifier l'ARNm et a commencé à en savoir plus sur ceux exprimés dans le cerveau humain. Les courts fragments de séquence d'ADNc qui l'intéressaient s'appellent les étiquettes de séquences exprimées, ou EST. Le Bureau du transfert de technologie du NIH et Venter ont décidé de prendre les EST découverts par d'autres dans une tentative de breveter les gènes identifiés basés sur des études de l'expression de l'ARNm dans le cerveau humain. Lorsque Venter a révélé cette stratégie lors d'une audience au Congrès, une tempête de controverse a éclaté. Le NIH a ensuite arrêté l'effort et abandonné les demandes de brevet qu'il avait déposées, suite à une levée de boucliers du public.

Projet Génome Humain

Venter était passionné par le pouvoir de la génomique à transformer radicalement les soins de santé. Venter croyait que le séquençage par canon était le moyen le plus rapide et le plus efficace d'obtenir des données génomiques humaines utiles. La méthode a cependant été rejetée par le Projet Génome Humain, car certains généticiens pensaient qu'elle ne serait pas assez précise pour un génome aussi compliqué que celui des humains, qu'elle serait logistiquement plus difficile et qu'elle coûterait beaucoup plus cher.

Venter a vu la lenteur des progrès du projet Génome Humain comme une opportunité de poursuivre son intérêt pour le brevetage des gènes, il a donc cherché du financement du secteur privé pour démarrer Celera Genomics. L'entreprise prévoyait de tirer profit de leur travail en créant des données génomiques auxquelles les utilisateurs pourraient s'abonner moyennant des frais. L'objectif a par conséquent exercé une pression sur le programme de génome public et a incité plusieurs groupes à redoubler d'efforts pour produire la séquence complète. L'effort de Venter lui a valu de la renommée car lui et son équipe chez Celera Corporation ont partagé le crédit du séquençage du premier projet de génome humain avec le Projet Génome Humain financé par des fonds publics.

En 2000, Venter et Francis Collins du National Institutes of Health et du U.S. Public Genome Project ont conjointement annoncé la cartographie du génome humain, trois ans complets avant la fin prévue du programme public de génome. L'annonce a été faite avec le président américain Bill Clinton et le premier ministre britannique Tony Blair. Venter et Collins ont ainsi partagé un prix pour « Biographie de l'année » du réseau A&E. Le 15 février 2001, le consortium Projet Génome Humain a publié le premier génome humain dans la revue Nature, suivi, un jour plus tard, par une publication de Celera dans Science. Malgré certaines affirmations selon lesquelles le séquençage par canon était à certains égards moins précis que la méthode clone par clone choisie par le Projet Génome Humain, la technique a été largement acceptée par la communauté scientifique.

Venter a été licencié par Celera au début de 2002. Selon sa biographie, Venter a été licencié en raison d'un conflit avec le principal investisseur, Tony White, qui l'a spécifiquement empêché d'assister à la cérémonie de la Maison Blanche célébrant la réussite du séquençage du génome humain.

Expédition mondiale d'échantillonnage océanique

L'Expédition mondiale d'échantillonnage océanique GOS est un projet d'exploration océanique génomique visant à évaluer la diversité génétique dans les communautés microbiennes marines et à comprendre leur rôle dans les processus fondamentaux de la nature. Commencé comme un projet pilote d'échantillonnage de la mer des Sargasses en août 2003, Venter a annoncé l'expédition complète le 4 mars 2004. Le projet, qui utilisait le yacht personnel de Venter, Sorcerer II, a commencé à Halifax, Canada, a contourné le globe et est retourné aux États-Unis en janvier 2006.

Génomique synthétique

En juin 2005, Venter a cofondé Synthetic Genomics, une entreprise dédiée à l'utilisation de microorganismes modifiés pour produire des carburants propres et des produits chimiques. En juillet 2009, ExxonMobil a annoncé une collaboration de 600 millions de dollars avec Synthetic Genomics pour rechercher et développer les biocarburants de nouvelle génération. Venter continue de travailler sur la création de microalgues diatomées construites pour la production de biocarburants.

Venter cherche à breveter la première espèce partiellement synthétique, pouvant être nommée Mycoplasma laboratorium. Il y a des spéculations selon lesquelles cette ligne de recherche pourrait conduire à la production de bactéries qui ont été modifiées pour effectuer des réactions spécifiques, par exemple, produire des carburants, fabriquer des médicaments, combattre le réchauffement climatique, etc.

En mai 2010, une équipe de scientifiques dirigée par Venter a été la première à créer avec succès ce qui a été décrit comme une « vie synthétique ». Cela a été fait en synthétisant une très longue molécule d'ADN contenant un génome bactérien entier, et en l'introduisant dans une autre cellule, analogue à la réussite du groupe d'Eckard Wimmer, qui a synthétisé et lié un génome de virus à ARN et l'a « amorcé » dans un lysat cellulaire. L'organisme unicellulaire contient quatre « filigranes » écrits dans son ADN pour l'identifier comme synthétique et pour aider à tracer ses descendants. Les filigranes incluent

1. Table de codes pour l'alphabet entier avec la ponctuation
2. Noms de 46 scientifiques contributeurs
3. Trois citations
4. L'adresse e-mail secrète de la cellule.

Le 25 mars 2016, Venter a signalé la création de Syn 3.0, un génome synthétique ayant le moins de gènes de tout organisme vivant libre 473 gènes. Leur objectif était de supprimer tous les gènes non essentiels, ne laissant que l'ensemble minimal nécessaire pour soutenir la vie. Cette cellule réduite et à reproduction rapide devrait être un outil précieux pour les chercheurs dans le domaine.

En août 2018, Venter a pris sa retraite en tant que président du conseil d'administration, disant qu'il voulait se concentrer sur son travail au J. Craig Venter Institute. Il restera conseiller scientifique du conseil d'administration.

J. Craig Venter Institute

Venter est actuellement le directeur général du J. Craig Venter Institute, une organisation à but non lucratif qui mène des recherches en biologie synthétique. Venter a fondé l'organisation en 2006. Elle a des installations à La Jolla et à Rockville, Maryland et emploie plus de 200 personnes.

Génome humain individuel

Le 4 septembre 2007, une équipe dirigée par Sam Levy a publié l'un des premiers génomes d'un humain individuel – la propre séquence d'ADN de Venter. Certaines séquences du génome de Venter sont associées au cérumen humide, à un risque accru de comportement antisocial, à la maladie d'Alzheimer et aux maladies cardiovasculaires. Cette publication était particulièrement intéressante car elle tentait de séparer les deux haplotypes les deux copies de chaque chromosome, bien qu'elle ne l'ait réalisé que de manière limitée. Le génome tel que publié n'avait que 3 milliards de bases, au lieu des 6 milliards complets qui composeraient une séquence complètement diploïde. Dix autres années se sont écoulées avant que les premiers génomes humains à haplotype résolu ne commencent à apparaître.

Le navigateur de référence du génome humain est une application Web pour la navigation et l'analyse du génome récemment publié de Venter. La base de données HuRef se compose d'environ 32 millions de lectures d'ADN séquencées à l'aide du séquençage Sanger microfluidique, assemblées en 4 528 échafaudages et 4,1 millions de variations d'ADN identifiées par analyse génomique. Ces variantes incluent les polymorphismes mononucléotidiques (SNP), les substitutions en bloc, les petits et grands indels, et les variations structurelles comme les insertions, les délétions, les inversions et les changements de nombre de copies.

Le navigateur permet aux scientifiques de naviguer dans l'assemblage du génome HuRef et les variations de séquence, et de le comparer avec l'assemblage NCBI human build 36 dans le contexte des annotations NCBI et Ensembl. Le navigateur fournit une vue comparative entre les séquences de consensus NCBI et HuRef, l'alignement multiple des séquences de l'assemblage HuRef, les annotations Ensembl et dbSNP, les variantes HuRef et la preuve de variante sous-jacente et l'analyse fonctionnelle. L'interface représente également les blocs haplotypes à partir desquels la séquence génomique diploïde peut être déduite et la relation des variantes aux annotations de gènes. L'affichage des variantes et des annotations de gènes est lié à des ressources publiques externes, notamment dbSNP, Ensembl, Online Mendelian Inheritance in Man OMIM et Gene Ontology GO.

Les utilisateurs peuvent rechercher le génome HuRef en utilisant les noms de gènes HUGO, les identifiants Ensembl et dbSNP, les emplacements du contig ou de l'échafaudage HuRef, ou les emplacements des chromosomes NCBI. Les utilisateurs peuvent alors facilement et rapidement parcourir n'importe quelle région génomique via les commandes de panoramique et de zoom simples et intuitives ; de plus, les données pertinentes pour des locus spécifiques peuvent être exportées pour une analyse plus approfondie.

Human Longevity, Inc.

Le 4 mars 2014, Venter et les cofondateurs Peter Diamandis et Robert Hariri ont annoncé la formation de Human Longevity, Inc., une entreprise axée sur l'extension de l'espérance de vie humaine saine et « haute performance ». Au moment de l'annonce, l'entreprise avait déjà levé 70 millions de dollars en financement par capital-risque, ce qui était censé durer 18 mois. Venter a servi en tant que président et directeur général (PDG) jusqu'en mai 2018, date à laquelle il a pris sa retraite. L'entreprise a déclaré qu'elle prévoyait de séquencer 40 000 génomes par an, en mettant l'accent sur les génomes du cancer et les génomes des patients atteints de cancer.

Human Longevity a intenté une action en justice en 2018 contre Venter, l'accusant de vol de secrets commerciaux. Des accusations ont été portées selon lesquelles Venter s'était éloigné de l'ordinateur de sa société qui contenait des informations précieuses qui pourraient être utilisées pour démarrer une entreprise concurrente. L'action en justice a finalement été rejetée par un juge californien au motif que Human Longevity n'avait pas pu présenter une affaire qui répondait au seuil juridique requis pour une entreprise ou un individu pour intenter une action en justice lorsque ses secrets commerciaux ont été volés.

La mission de Human Longevity est d'étendre la durée de vie humaine saine grâce à l'utilisation de diagnostics mégadonnées haute résolution à partir de la génomique, de la métabolomique, de la microbiomique et de la protéomique, ainsi que l'utilisation de la thérapie par cellules souches.

Livres publiés

Venter est l'auteur de deux livres, le premier étant une autobiographie intitulée A Life Decoded. Le deuxième livre de Venter s'intitulait Life at the Speed of Light dans lequel il a annoncé sa théorie selon laquelle c'est la génération dans laquelle il semble y avoir un chevauchement des deux domaines scientifiques précédemment divergents représentés par la programmation informatique et la programmation génétique de la vie par séquençage de l'ADN. Il a été applaudé pour sa position à ce sujet par le futuriste Ray Kurzweil.

Vie personnelle

Après un bref mariage avec Barbara Rae-Venter, avec qui il a eu un fils, Christopher, il a épousé Claire M. Fraser restant mariée à elle jusqu'en 2005. À la fin de 2008, il a épousé Heather Kowalski. Ils vivent dans le quartier de La Jolla à San Diego, Californie. Venter est athée.

Venter a considéré que son comportement à l'adolescence était indicatif d'un trouble déficitaire de l'attention avec hyperactivité (TDAH), et a ensuite découvert des variantes génétiques liées au TDAH dans son propre ADN.

Dans la culture populaire

Venter a fait l'objet d'articles dans plusieurs magazines, notamment Wired, The Economist, le magazine scientifique australien Cosmos et The Atlantic.

Venter apparaît dans le spécial NOVA de deux heures de 2001, « Cracking the code of life ».

Le 16 mai 2004, Venter a prononcé le discours de la remise des diplômes à l'Université Boston.

Le 4 décembre 2007, Venter a donné la conférence Dimbleby pour la BBC à Londres.

Venter a prononcé le discours de convocation 2008 pour les étudiants en honneurs et spécialisation de la Faculté des sciences à l'Université d'Alberta.