Craig Venter

Yaşam bir DNA yazılım sistemidir.

John Craig Venter, Amerikalı bir biyoteknolog ve işletmeci. İnsan genomunun ilk taslak dizisini yönetmesi ve sentetik bir kromozom ile bir hücreyi transfekte etmek için ilk takımı kurmasıyla bilinir. Venter, Celera Genomics, The Institute for Genomic Research TIGR ve şu anda CEO olarak görev yaptığı J. Craig Venter Institute JCVI kurmuştur. Human Longevity Inc. ve Synthetic Genomics'in kurucusu ortağı. Time dergisinin 2007 ve 2008 Time 100 listesinde dünyanın en etkili insanları arasında yer almıştır. 2010 yılında, İngiliz dergisi New Statesman, Craig Venter'ı "2010 Dünyanın 50 En Etkili Figürü" listesinde 14. sırada yer almıştır. 2012 yılında Venter, genom araştırmasına yaptığı katkısından dolayı Dan David Ödülü ile onurlandırılmıştır. USA Science and Engineering Festival's Advisory Board üyesidir.

Erken yaşam ve eğitim

Venter, Utah'ın Salt Lake City'de Elizabeth ve John Venter'ın oğlu olarak doğmuştur. Gençliğinde eğitimini ciddiye almamış, zamanını teknelerde veya sörf yapmakla geçirmeyi tercih etmiştir. Biyografisına göre A Life Decoded, sekizinci sınıf rapor kartında C ve D alan çok ilgili olmayan bir öğrenci olduğu söylenmektedir. California'nın Millbrae şehrindeki Mills High School'dan mezun olmuştur.

Vietnam Savaşı'na karşı olmasına rağmen Venter, asker olarak çekilmiş ve Birleşik Devletler Navy'inde bir saha hastanesinin yoğun bakım bölümünde çalışmıştır. Vietnam'dayken, denize yüzerek intihar girişiminde bulunmuş, ancak bir mil uzağa çıkınca fikrini değiştirmiştir. Günlük olarak ağır yaralı ve ölmekte olan denizci piyade askerlerine maruz kalması, tıp alanında çalışma isteği uyandırmıştır, ancak daha sonra biyomedikal araştırmaya geçmiştir.

Venter, College of San Mateo'da bir topluluk üniversitesinde üniversite eğitimine başlamış ve daha sonra biochemist Nathan O. Kaplan'ın altında çalışan University of California, San Diego'ya aktarılmıştır. 1972'de biyokimya alanında BS derecesi ve 1975'te UCSD'den fizyoloji ve farmakoloji alanında PhD derecesini almıştır.

Kariyer

State University of New York at Buffalo'da yardımcı profesör olarak ve daha sonra tam profesör olarak çalıştıktan sonra, 1984 yılında National Institutes of Health'e katılmıştır.

EST tartışması

NIH çalışanı olduğu süre boyunca Venter, mRNA'yı tanımlamayı öğrenmiş ve insan beyninde ifade edilen hakkında daha fazla bilgi edinmeye başlamıştır. İlgilendiği kısa cDNA dizi fragmanları, expressed sequence tags veya EST'ler olarak adlandırılır. NIH Office of Technology Transfer ve Venter, başkaları tarafından keşfedilen EST'leri insan beynindeki mRNA ekspresyonu çalışmalarına dayanarak tanımlanan genleri patent almaya çalışmaya karar vermiştir. Venter bu stratejisini bir Kongre duruşmasında açıklarken, muazzam bir tartışma çıkmıştır. NIH daha sonra girişimi durdurmuş ve kamuoyunun tepkisi üzerine başvurduğu patent başvurularını terk etmiştir.

Human Genome Project

Venter, genomiklerin sağlık hizmetlerini kökten dönüştürme gücü konusunda tutkulu. Venter, shotgun diziliştirmenin kullanışlı insan genom verisini elde etmenin en hızlı ve en etkili yolu olduğuna inanmıştır. Bununla birlikte, yöntem Human Genome Project tarafından reddedilmiştir, çünkü bazı genetikçiler insan gibi karmaşık bir genom için yeterince doğru olmayacağını, lojistik olarak daha zor olacağını ve önemli ölçüde daha pahalı olacağını hissetmiştir.

Venter, Human Genome projesindeki yavaş ilerleme hızını genleri patent alma ilgisini sürdürmek için bir fırsat olarak görmüş, bu nedenle Celera Genomics'i başlatmak için özel sektörden finansman aradıştır. Şirket, kullanıcıların bir ücret karşılığında abone olabilecekleri genomik veri oluşturarak çalışmalarından kar etmeyi planlamıştır. Bu hedef, kamu genomu programına baskı uygulamış ve tam diziyi üretmek için çabalarını ikiye katlamaya teşvik etmiştir. Venter'ın çabası, kendisine ve Celera Corporation'daki takımına ilk taslak insan genomunun diziliştirilmesinde kamu tarafından finanse edilen Human Genome Project ile kredi paylaşması nedeniyle ünü kazandırmıştır.

2000 yılında, Venter ve National Institutes of Health'in Francis Collins'i ve ABD Public Genome Project'i, insan genomunun haritalanmasının duyurusunu ortaklaşa yaptılar; bu, Public Genome Program'ın beklenen sonu öncesinde tam üç yıl. Duyuru, ABD Başkanı Bill Clinton ve İngiltere Başbakanı Tony Blair ile birlikte yapılmıştır. Venter ve Collins böylece A&E Network'ten "Biyografinin Yılı" ödülünü paylaşmıştır. 15 Şubat 2001'de, Human Genome Project konsorsiyumu ilk Human Genome'yi Nature dergisinde yayınladı ve bir gün sonra Celera'nın Science'de yayını izlemiştir. Shotgun diziliştirmenin bazı yönlerde Human Genome Project tarafından seçilen clone-by-clone yönteminden daha az doğru olduğu bazı iddialar olsa da, teknik bilim camiası tarafından yaygın olarak kabul edilmiştir.

Venter, 2002'nin başında Celera tarafından işten çıkarılmıştır. Biyografisine göre, Venter ana yatırımcı Tony White ile bir çatışma nedeniyle işten çıkarılmıştır; özellikle insan genomunun diziliştirilmesinin başarısını kutlayan White House törenine katılmasını engellemiştir.

Global Ocean Sampling Expedition

Global Ocean Sampling Expedition GOS, deniz mikrobiyoloji toplulukları ve doğadaki temel süreçlerdeki rolleri anlamak için genetik çeşitliliği değerlendirmeyi amaçlayan bir okyanus araştırması genom projesidir. Ağustos 2003'te bir Sargasso Denizi pilot örnekleme projesi olarak başlatılan Venter, tam Expedition'ı 4 Mart 2004 tarihinde duyurmuştur. Venter'ın kişisel yatı Sorcerer II'yi kullanan proje, Kanada'daki Halifax'ta başlamış, dünyayı turlamış ve Ocak 2006'da ABD'ye dönmüştür.

Synthetic Genomics

Haziran 2005'te Venter, temiz yakıtlar ve kimyasallar üretmek için değiştirilmiş mikroorganizmalar kullanmaya adanmış bir firma olan Synthetic Genomics'i kurmuştur. Temmuz 2009'da ExxonMobil, Synthetic Genomics ile yeni nesil biyoyakıtlarının araştırılması ve geliştirilmesi için 600 milyon dolar işbirliğinin duyurmuştur. Venter, biyoyakıtlar üretimi için mühendislik diyatomik mikro yosunların oluşturulması üzerinde çalışmaya devam etmektedir.

Venter, muhtemelen Mycoplasma laboratorium olarak adlandırılacak ilk kısmen sentetik türü patent almaya çalışmaktadır. Bu araştırma hattının belirli tepkimeler yapmak için tasarlanmış bakteriler üretmeye, örneğin yakıt üretmek, ilaçlar yapmak, küresel ısınmayı azaltmak vb. sonuç verebileceği spekülasyonları vardır.

Mayıs 2010'da Venter tarafından yönetilen bir bilim insanı ekibi, "sentetik yaşam" olarak tanımlanan şeyi başarıyla oluşturan ilk hale gelmiştir. Bu, bir bakteri genomunun tamamını içeren çok uzun bir DNA molekülü sentezleyerek ve bunu başka bir hücreye sokarak yapılmıştır; bu, bir RNA virüsü genomu sentezleyen ve bağlayan Eckard Wimmer'ın grubunun başarısına benzerdir ve hücre lizatında "önyüklenmiştir". Tek hücreli organizma, onu sentetik olarak tanımlamak ve soylarını izlemeye yardımcı olmak için DNA'sına yazılmış dört "filigran" içerir. Filigramlar şunları içerir

1. Tüm alfabe ve noktalamalar için kod tablosu
2. 46 katkıda bulunan bilim insanının adları
3. Üç alıntı
4. Hücrenin gizli e-posta adresi.

25 Mart 2016'da Venter, herhangi bir serbestçe yaşayan organizmada en az gen sayısına sahip sentetik bir genom olan Syn 3.0'ı oluşturduğunu bildirmiştir 473 gen. Amaçları, yaşamı desteklemek için gerekli olan minimum seti kalarak tüm gerekli olmayan genleri ortadan kaldırmaktı. Bu basitleştirilmiş, hızlı çoğalan hücrenin, bu alanda araştırmacılar için değerli bir araç olması beklenmektedir.

Ağustos 2018'de Venter, kurul başkanı olarak istifa etmiş ve J. Craig Venter Institute'deki çalışmalarına odaklanmak istediğini söylemiştir. Kurul'un bilimsel danışmanı olarak kalacaktır.

J. Craig Venter Institute

Venter, sentetik biyoloji alanında araştırma yapan kâr amacı gütmeyen J. Craig Venter Institute'nin şu anda genel müdürüdür. Venter, organizasyonu 2006'da kurmuştur. La Jolla ve Rockville, Maryland'de tesisleri vardır ve 200'den fazla kişiyi istihdam etmektedir.

Bireysel insan genomunun

4 Eylül 2007'de Sam Levy tarafından yönetilen bir ekip, bireysel bir insan genomunun—Venter'ın kendi DNA dizisinin—ilk genomlarından birini yayınlamıştır. Venter'ın genomundaki bazı diziler, ıslak kulak mumu, antisosyal davranışın artan riski, Alzheimer hastalığı ve kardiyovasküler hastalıklarla ilişkilidir. Bu yayın özellikle ilginç olmuştur, çünkü iki haplotip—her kromozomun iki kopyası—ayırmaya çalışmıştır, ancak bunu sınırlı bir şekilde başarmıştır. Yayınlanan genom, tam dıploid diziyi oluşturacak tam 6 milyar yerine yalnızca 3 milyar baza sahiptir. İlk haplotip-çözülmüş insan genomları görünmeye başlamadan önce 10 yıl daha geçmiştir.

Human Reference Genome Browser, Venter'ın yakın zamanda yayınlanan genomunun gezinmesi ve analizi için bir web uygulamasıdır. HuRef veritabanı, mikroflidik Sanger diziliştirmesi kullanılarak diziliştirilmiş yaklaşık 32 milyon DNA okuyuşundan oluşur, 4.528 iskele halinde bir araya getirilmiş ve genom analizi tarafından 4.1 milyon DNA varyasyonu tanımlanmıştır. Bu varyantlar, tek nükleotid polimorfizmler SNP'ler, blok ikameler, kısa ve büyük indel'ler ve ekleme, silme, ters çevirme ve kopya numarası değişiklikleri gibi yapısal varyasyonlar içerir.

Tarayıcı, bilim insanlarının HuRef genom derlemesine ve dizi varyasyonlarına gezinmesini ve bunu NCBI insan build 36 derlemesiyle NCBI ve Ensembl açıklamalarının bağlamında karşılaştırmasını sağlar. Tarayıcı, NCBI ve HuRef konsensüs dizileri arasında karşılaştırmalı bir görünüm, HuRef derlemesinin, Ensembl ve dbSNP açıklamalarının, HuRef varyantlarının ve temel varyant kanıtı ve işlevsel analiz sağlar. Arayüz, dıploid genom dizisinin çıkarılabilmesini sağlayan haplotip bloklarını ve varyantların gen açıklamalarıyla ilişkisini temsil eder. Varyant ve gen açıklamalarının gösterimi, dbSNP, Ensembl, Online Mendelian Inheritance in Man OMIM ve Gene Ontology GO'yu içeren harici kamu kaynaklarına bağlıdır.

Kullanıcılar, HUGO gen adlarını, Ensembl ve dbSNP tanımlayıcılarını, HuRef contig veya iskele konumlarını veya NCBI kromozom konumlarını kullanarak HuRef genomunu arayabilir. Kullanıcılar daha sonra basit ve sezgisel kaydırma ve yakınlaştırma kontrolleri aracılığıyla herhangi bir genomik bölgeyi kolayca ve hızlı bir şekilde göz atabilir; ayrıca belirli lokuslarla ilgili veriler daha fazla analiz için dışa aktarılabilir.

Human Longevity, Inc.

4 Mart 2014'te Venter ve ortak kurucuları Peter Diamandis ve Robert Hariri, sağlıklı, "yüksek performanslı" insan ömrünü uzatmaya odaklanan bir şirket olan Human Longevity, Inc.'in oluşturulmasını duyurmuşlardır. Duyuru sırasında, şirketin zaten 70 milyon dolar risk sermayesi finansmanı sağladığı ve bunun 18 ay sürmesi bekleniyordu. Venter, Mayıs 2018'e kadar başkan ve genel müdür CEO olarak görev yapmış, sonra istifa etmiştir. Şirket, yıl başına 40.000 genom diziliştirilmesini planladığını ve ilk olarak kanser genomları ve kanser hastalarının genomlarına odaklanacağını söylemiştir.

Human Longevity, 2018'de Venter'a karşı bir dava açmış ve ticari sırları çalmakla onu suçlamıştır. Venter'ın rakip bir işletme başlatmak için kullanılabilecek değerli bilgiler içeren şirket bilgisayarı ile ayrıldığını söyleyen iddiaları yapılmıştır. Dava, sonuç olarak California Hakim tarafından reddedilmiştir; Human Longevity ticari sırları çalınan bir şirketin veya bireyin dava açması için gerekli yasal eşiği karşılayan bir dava sunamaması temelinde.

Human Longevity'nin misyonu, sağlıklı insan ömrünü genomik, metabolomik, mikrobiomik ve proteomik'ten yüksek çözünürlüklü büyük veri diagnostikleri ve kök hücre terapisinin kullanılması yoluyla uzatmaktır.

Yayınlanmış kitaplar

Venter, iki kitabın yazarıdır; bunlardan ilki A Life Decoded başlığını taşıyan bir otobiyografidir. Venter'ın ikinci kitabı, bilgisayar programlaması ve DNA diziliştirmesi tarafından hayatın genetik programlaması ile temsil edilen önceden çeşitli iki bilim alanının dovetailing olduğu görülen bir kuşak olduğu teorisini duyurduğu Life at the Speed of Light adını taşımıştır. Füturist Ray Kurzweil tarafından bu pozisyon için alkış aldığı.

Kişisel hayat

Barbara Rae-Venter ile kısa bir evliliğin ardından, onunla bir oğlu Christopher'ı var, Claire M. Fraser ile evlendi ve 2005 yılına kadar onunla evli kaldı. 2008 yılının sonlarında Heather Kowalski ile evlendi. San Diego, CA'nın La Jolla mahallesinde yaşamaktadırlar. Venter bir ateist.

Venter, ergenlik dönemindeki davranışının dikkat eksikliği hiperaktivite bozukluğunun ADHD göstergesi olduğunu düşündü ve daha sonra kendi DNA'sında ADHD bağlantılı genetik varyantlar bulmuştur.

Popüler kültürde

Venter, Wired, The Economist, Australian bilim dergisi Cosmos ve The Atlantic dahil olmak üzere çeşitli dergilerde makalelerin konusu olmuştur.

Venter, iki saatlik 2001 NOVA özel gösterisi "Cracking the code of life"'da görünür.

16 Mayıs 2004'te Venter, Boston University'de başlamış konuşması.

4 Aralık 2007'te Venter, Londra'daki BBC için Dimbleby dersini vermiştir.

Venter, University of Alber'daki Fen Fakültesi onur ve spesialisasyon öğrencileri için 2008 konvokasyon konuşmasını yapmıştır.